En configuration fermée, le panneau central du retable représente une crucifixion à l'intensité dramatique toute particulière.
Au pied de la croix à gauche, Marie soutenue par Jean, et Marie-Madeleine déplorent la mort du Christ.
À droite, Jean-Baptiste tient d'une main le livre ouvert des Ecritures et désigne le Christ de l'autre ; à ses pieds, le sang d'un agneau portant une croix entre ses pattes jaillit dans un calice. La présence de Jean-Baptiste rappelle le baptême du Christ (et ainsi l' « esprit » et l'« eau » mentionnés par Jean dans son épître) ; elle signale également l'accomplissement de la parole prophétique qui s'opère dans la Passion, la dépassant par là-même et renvoyant déjà à la résurrection, puisque Jean-Baptiste est mort au moment de la crucifixion du Christ.
Joris-Karl Huysmans (1848-1907), Là-bas, 1891, chapitre 1 : « Ah ! devant ce Calvaire barbouillé de sang et brouillé de larmes, l’on était loin de ces débonnaires Golgotha que, depuis la Renaissance, l’Église adopte ! Ce Christ au tétanos n’était pas le Christ des riches, l’Adonis de Galilée, le bellâtre bien portant, le joli garçon aux mèches rousses, à la barbe divisée, aux traits chevalins et fades, que depuis quatre cents ans les fidèles adorent. Celui-là, c’était le Christ de saint Justin, de saint Basile, de saint Cyrille, de Tertullien, le Christ des premiers siècles de l’Église, le Christ vulgaire, laid, parce qu’il assuma toute la somme des péchés et qu’il revêtit, par humilité, les formes les plus abjectes. —— C’était le Christ des pauvres, Celui qui s’était assimilé aux plus misérables de ceux qu’il venait racheter, aux disgraciés et aux mendiants, à tous ceux sur la laideur ou l’indigence desquels s’acharne la lâcheté de l’homme ; et c’était aussi le plus humain des Christ, un Christ à la chair triste et faible, abandonné par le Père qui n’était intervenu que lorsque aucune douleur nouvelle n’était possible, le Christ assisté seulement de sa Mère qu’il avait dû, ainsi que tous ceux que l’on torture, appeler dans des cris d’enfant, de sa Mère, impuissante alors et inutile. (...) Grünewald était le plus forcené des idéalistes. Jamais peintre n’avait si magnifiquement exalté l’altitude et si résolument bondi de la cime de l’âme dans l’orbe éperdu d’un ciel. Il était allé aux deux extrêmes et il avait, d’une triomphale ordure, extrait les menthes les plus fines des dilections, les essences les plus acérées des pleurs. Dans cette toile, se révélait le chef-d’œuvre de l’art acculé, sommé de rendre l’invisible et le tangible, de manifester l’immondice éplorée du corps, de sublimer la détresse infinie de l’âme. —— Non, cela n’avait d’équivalent dans aucune langue. En littérature, certaines pages d’Anne Emmerich sur la Passion se rapprochaient, mais atténuées, de cet idéal de réalisme surnaturel et de vie véridique et exsurgée. Peut-être aussi certaines effusions de Ruysbroeck s’élançant en des jets géminés de flammes blanches et noires, rappelaient-elles, pour certains détails, la divine abjection de Grünewald et encore non, cela restait unique, car c’était tout à la fois hors de portée et à ras de terre. »
